Gago, Sergio Agüero và Lionel Messi đều từng là đồng đội của nhau khi còn nhỏ ở Argentina.[2] Ba người họ đã cùng nhau vô địch FIFA World Youth Championship 2005 tại Hà Lan.Fernando Gago cũng là một người đam mê văn học và nghệ thuật. Điều đầu tiên anh làm sau khi hạ cánh ở Tây Ban Nha là ghé thăm Bảo tàng Prado.[3] Gago đã kết hôn với vận động viên quần vợt chuyên nghiệp Gisela Dulko, họ có hai con trai, Mateo, sinh ngày 9 tháng 6 năm 2013 [4] và Daniele, sinh ngày 19 tháng 4 năm 2018 và một cô con gái, Antonella, sinh năm 2015.[5]